Our Work

Model predictions for the manuscript "RNAinformer: Generative RNA Design from Contact Maps." Contains all generated designs for every method on every benchmark: RNAinformer (all variants, including GC…

Model predictions for the manuscript "RNAinformer: Generative RNA Design from Contact Maps." Contains all generated designs for every method on every benchmark: RNAinformer (all variants, including GC-conditioned) and the baseline design methods (LEARNA suite, SAMFEO, antaRNA/, gRNAde) and structure-prediction baselines (nat_folds) across the SynNested, SynPseudoknot, SynMultiplet, PDB, riboswitch, and CASP15 benchmarks. Provided as native model-output files (.plk.gz, .pt.gz, .pkl, .pdb, …) and as human-readable FASTA.  Version 2 adds st18_training_comparison.zip, containing the raw predictions and metric files for the Syn / Syn+FT / Nat+FT training-data comparison (Supplementary Table ST18), which were not included in version 1.

Abstract   Deepfakes are synthetic or manipulated images, videos, and audio recordings produced with deep generative models so that a person appears to say or do something that never happened. As…

Abstract   Deepfakes are synthetic or manipulated images, videos, and audio recordings produced with deep generative models so that a person appears to say or do something that never happened. As generation tools become easier to use, the volume of convincing forgeries is growing, and manual inspection no longer scales. Artificial intelligence (AI) is therefore widely studied as a means of automatically separating authentic media from manipulated media. However, a detector that outputs only a “real” or “fake” label is of limited value to analysts, moderators, or investigators who must justify a decision. This paper reviews how AI-based deepfake detection is organised, which model families are used, which datasets are used to train and test them, and why detectors often fail to generalise beyond the conditions in which they were trained. A systematic literature review protocol following the PRISMA 2020 reporting framework is proposed. On the basis of the reviewed methodological literature, a conceptual detection framework is presented in which input media pass through pre-processing, feature extraction, a classification model, an interpretability layer, and a human verification stage, with continuous monitoring for new generation techniques. The study is literature-based and does not claim experimental results that have not been measured. Keywords: Deepfake detection, artificial intelligence, deep learning, media forensics, generalisation, explainable AI, synthetic media  

This dataset contains representative raw fluorescence microscopy videos and analysis code supporting the results presented in the associated manuscript on single-quantum-dot (QD) blinking using commer…

This dataset contains representative raw fluorescence microscopy videos and analysis code supporting the results presented in the associated manuscript on single-quantum-dot (QD) blinking using commercially available Cd-free InP/ZnS QDs. The videos were acquired using the wide-field fluorescence microscopy setup and sample preparation procedures described in the main text. Seven RAW fluorescence recordings are provided, each containing 1000 frames acquired with a 50ms exposure, corresponding to 50s of recording. The images are 1024x1024 pixels. The RAW recordings are provided to enable independent inspection, analysis and reproduction of the single-QD blinking measurements presented in the manuscript. Two representative MP4 versions are also included for convenient visual inspection without requiring RAW image-processing software. The dataset additionally contains a Jupyter notebook implementing the image-processing and analysis workflow used to identify individual emitters, extract fluorescence trajectories and examine their blinking behaviour. The notebook is provided as an optional resource for users wishing to reproduce or adapt the analysis for the supplied videos or their own fluorescence microscopy data. Instructions and relevant parameters are included within the notebook. The relationship between the individual video files and the figures and analyses presented in the manuscript is indicated in the accompanying file documentation. In particular, video 102327 provides the data used to generate the traces presented in Figure S1 and Figure 9, while video 120714 provides the data used for the cluster traces in S2.

Artificial light at night (ALAN) is a rapidly increasing global threat to wildlife, disrupting circadian rhythms and inducing physiological costs such as oxidative stress.  However, the underlyin…

Artificial light at night (ALAN) is a rapidly increasing global threat to wildlife, disrupting circadian rhythms and inducing physiological costs such as oxidative stress.  However, the underlying mechanisms are still poorly understood. Telomeres, the protective caps of DNA, are biomarkers for somatic condition and aging, as they are sensitive to environmental stressors. In this study, we investigated the effects of ALAN on the telomere length of developing European green toads (Bufotes viridis). Our results show that individuals developing under ALAN had longer telomeres and a non-significant trend toward increased mortality. Metamorphs showed a trend towards longer telomeres in both the experimental and the control group. These findings suggest that accelerated telomere loss, likely caused by higher levels of oxidative stress under ALAN, may lead to compensatory antioxidative defence and telomere restoration mechanisms. However, possible long-term costs and accumulating effects like an increased cancer risk associated with longer telomeres, should be considered. In this study we show that ALAN significantly alters telomere dynamics in the European green toad, highlighting the importance for further studies on the consequences of increasing ALAN on wildlife.

 Se recorre, con prosa bronca y sin concesiones, el itinerario de Carles Puigdemont desde la declaración unilateral de independencia de octubre de 2017 hasta el 6 de octubre de 2026, d&iac…

 Se recorre, con prosa bronca y sin concesiones, el itinerario de Carles Puigdemont desde la declaración unilateral de independencia de octubre de 2017 hasta el 6 de octubre de 2026, día en que la justicia española deja sin efecto la orden de detención y le permite regresar a Barcelona. Se examina el procés como un estroma político incompleto —dintorno de retórica inflamada, contorno de ilegalidad y entorno de abandono internacional— aplicando los conceptos de la ESTROMÁTICA: estromas ontológicos y gnoseológicos, grados E1 (físico), E2 (psíquico) y E3 (lógico-conceptual), y la operatoriedad del sujeto que intenta, y no logra, cerrar la trama de un Estado. El texto pregunta si el retorno se produce como presidente de una República catalana que nunca existió fuera del papel, o como lacayo del mismo orden de fondos buitres y mercados que gestionaron Aznar y el PP. La fotografía del 8 de agosto de 2024 marca el umbral entre la huida y la posible reintegració

Each Psi4 run appends a record to ~/.seamm.d/timing/psi4.csv through seamm_exec.timing: the machine class, processes, wall time and outcome, and the descriptors of the calculation: the method and basi…

Each Psi4 run appends a record to ~/.seamm.d/timing/psi4.csv through seamm_exec.timing: the machine class, processes, wall time and outcome, and the descriptors of the calculation: the method and basis, the structure, and from the output the basis functions, electrons, SCF iterations and Psi4's own wall time. This replaces the step's own CSV (SMILES, formula and the whole parameter dictionary as JSON), which grew without bound. See seamm_exec's campaign of 2026-10-05. Requires seamm-exec 2026.10.6.

Wen erreicht Wissenschaftskommunikation? In Zeiten zunehmender Probleme durch sog. Fake News, Populismus und Angriffe auf Wissenschaft ist es dringlicher denn je, allen Menschen eine informierte Teilh…

Wen erreicht Wissenschaftskommunikation? In Zeiten zunehmender Probleme durch sog. Fake News, Populismus und Angriffe auf Wissenschaft ist es dringlicher denn je, allen Menschen eine informierte Teilhabe an der Diskussion über Wissenschaft und deren gesellschaftliche Einbettung sowie der Bewertung neuer Technologien zu ermöglichen. Globale Probleme wie der Klimawandel, die Sicherheit moderner Gesellschaften oder die Energiewende machen einen evidenzbasierten, politischen und gesellschaftlichen Diskurs nötiger als jemals zuvor. Inklusive Beteiligungs- und Zugangsmöglichkeiten zu Wissenschaft sind zugleich Basis für persönliche Entscheidungen, bspw. zu Gesundheitsfragen oder Technologienutzung sowie für Weiterbildungs- und Karriereoptionen.  Es gibt zwar eine wachsende Anzahl an Kommunikation- und Partizipationsaktivitäten, aber diese müssen sich der Realität stellen, dass sie bestimmte Bevölkerungsgruppen nicht erreichen bzw. diese durch die Gestaltung ihrer Angebote ausgrenzen. Das gilt in unterschiedlichen Ausprägungen für alle genutzten Methoden und Medien – ob online oder offline. Diskriminierende Strukturen werden in der Wissenschaft selbst und in der Wissenschaftskommunikation reproduziert – implizit oder explizit. Um ihrer gesellschaftlichen Verantwortung gerecht zu werden, müssen Wissenschaftsorganisationen ihre Kommunikationsstrategien und -maßnahmen kritisch reflektieren. Es gibt eine Vielzahl an expliziten und impliziten Barrieren sowie strukturellen Ungerechtigkeiten, die es abzubauen gilt. Das Recht auf Bildung ist aber nicht zuletzt in der Menschenrechtscharta ebenso verankert wie ein Verbot jeglicher Diskriminierung. Alle Menschen haben ein Recht darauf, „am wissenschaftlichen Fortschritt und dessen Errungenschaften teilzuhaben“. Es ist entsprechend nicht nur eine selbst gestellte Aufgabe, sondern auch Pflicht der Wissenschaftskommunikation, diese Teilhabe zu ermöglichen.  Ein Systematisierungsvorschlag für Exklusionsdimensionen und Barrieren Die Systematisierung der Exklusionsdimensionen und Barrieren sowie die Empfehlungen basieren auf einem Forschungsüberblick im Auftrag der Transfer Unit Wissenschaftskommunikation, der von Christian Humm, Philipp Schrögel und Miriam Welz erstellt wurde. Der vollständige Bericht vom November 2024 ist auf der Webseite der Transfer Unit Wissenschaftskommunikation zu finden. Die Systematik wurde durch einen hybriden deduktiv-induktiven Ansatz entwickelt, bei dem zwei frühere Konzepte mit Erkenntnissen aus einer systematischen Literaturrecherche zusammengeführt wurden: Einerseits eine frühere Typologie von Exklusionsfaktoren, die im Rahmen des Projekts „Wissenschaft für alle“ entwickelt wurde. Andererseits die Einteilung von Diversitätsdimensionen in Ebenen, die oft als “Diversity Wheel” dargestellt wird. Diversität wird hier als Oberbegriff für wesentliche Unterscheidungsmerkmale zwischen Individuen verstanden, der das Spektrum der menschlichen Vielfalt in greifbare Dimensionen wie Geschlecht, ethnische Zugehörigkeit oder Alter verdichtet. Die einzelnen Dimensionen beeinflussen sich gegenseitig. Ihre Kombination macht jeden Menschen einzigartig, daher liegt die individuelle Persönlichkeit im Kern des Modells. Die Struktur und Zusammensetzung aus dem Forschungsüberblick wurde für das vorliegende Poster weiterentwickelt und umfasst drei Ebenen: Exklusionsdimensionen Die Exklusionsdimensionen beschreiben persönliche Unterscheidungsmerkmale zwischen Menschen, aufgrund derer ein Ausschluss oder eine Diskriminierung erfolgen kann. Einige dieser Dimensionen sind integrale Bestandteile der Identität einer Person und nur schwer veränderbar. Andere können sich im Laufe eines Lebens ändern. Barrieren in der Wissenschaft und Wissenschaftskommunikation Diese Barrieren gehen direkt auf wissenschaftliche Institutionen und Kommunikationspraktiken zurück. Sie stellen ausgrenzende Mechanismen dar, die durch Änderungen der Angebote, einen Kulturwandel und institutionelle Ansätze zur Einbindung der Öffentlichkeit verändert werden können. Barrieren in Gesellschaft, Politik und Bildung Diese Barrieren haben ihren Ursprung in übergeordneten gesellschaftlichen, politischen und bildungspolitischen Strukturen, die sich der unmittelbaren Kontrolle der Anbieter von Wissenschaftskommunikation entziehen. Sie sind breiter angelegt und stellen strukturelle Ausgrenzungsmechanismen dar, die in systemischen Ungleichheiten verwurzelt sind. Sie können nur indirekt durch umfassendere gesellschaftliche Interventionen und politische Veränderungen adressiert werden. Auch wenn einzelne Kommunikator:innen sie nicht direkt verändern können, müssen sie dennoch sensibel für diese strukturellen Bedingungen bleiben. Über diese Grafik Das Wimmelbild richtet sich an Akteur:innen in der Wissenschaft und Wissenschaftskommunikation und soll zum Reflektieren der eigenen Kommunikation anhand der 30 identifizierten Exklusionsdimensionen und Barrieren anregen. Die Visualisierungen zeigen beispielhafte Diskriminierungserfahrungen, Diversity-Defizite und symbolische Darstellungen von strukturellen Problemen. Das Wimmelbild wird um Infografik-Elemente ergänzt, die ausgewählte statistische Informationen wiedergeben. Auf der zweiten Seite findet sich eine gekürzte Fassung der weiterführenden Erläuterungen zu allen Dimensionen und Barrieren. Das pdf ist auf Barrierearmut geprüft und auch die genutzte Farbpalette wurde gezielt ausgewählt. Uns ist aber bewusst, dass die inhärenten Einschränkungen durch die Form eines Wimmelbildes dennoch für manche eine Barriere darstellen können. Abgesehen von den ergänzenden statistischen Informationen sind die zentralen Inhalte zu Exklusionsdimensionen und Barrieren daher auch als Textinformationen auf der zweiten Seite des Dokuments zugänglich. Impressum Dieses Poster basiert auf einem Forschungsüberblick im Auftrag der Transfer Unit Wissenschaftskommunikation, einem Gemeinschaftsprojekt der Berlin-Brandenburgischen Akademie der Wissenschaften und Wissenschaft im Dialog, gefördert vom Bundesministerium für Forschung, Technologie und Raumfahrt. Zum Forschungsüberblick: https://transferunit.de/thema/exklusion-in-der-wissenschaftskommunikation-fehlende-diversitaet-und-barrieren/ Autor:innen: Philipp Schrögel, Miriam Welz & Christian Humm Gestaltung: Markus Färber (Artwork) & Michelle Soldato (Layout) Kontakt: Philipp Schrögel, philipp.schroegel@hsw.tu-chemnitz.de

Research workflow for CT-derived airway segmentation, clinician-reviewed route planning, virtual bronchoscopy and bronchial branch tracing using 3D Slicer and open-source components.

Who does science communication reach? In times of increasing problems caused by so-called fake news, populism, and attacks on science, it is more urgent than ever to enable everyone to participate in …

Who does science communication reach? In times of increasing problems caused by so-called fake news, populism, and attacks on science, it is more urgent than ever to enable everyone to participate in the discussion about science and its social embedding and the evaluation of new technologies in an informed manner. Global problems such as climate change, the security of modern societies, and the energy transition to renewables make evidence-based political and social discourse more necessary than ever before. Inclusive opportunities for participation and access to science are also the basis for personal decisions, for example on health issues or the use of technology, as well as for further education and career options.  Although there is a growing number of communication and participation activities, science communication must face the reality that it does not reach all population groups or excludes some through the design of its offerings. This applies in varying degrees to all methods and media used, whether online or offline. Discriminatory societal structures are reproduced in science itself and in science communication – implicitly or explicitly. In order to fulfill their social responsibility, scientific organizations must critically reflect on their communication strategies and measures and make them more diverse and inclusive. There are a multitude of explicit and implicit barriers as well as structural injustices that need to be dismantled. Overlapping dimensions of individual, structural, and social differences and similarities influence access. However, the right to education is enshrined in the Universal Declaration of Human Rights, as is the prohibition of all forms of discrimination. All people have the right to “share in scientific advancement and its benefits.” Accordingly, it is not only a self-imposed task, but also a duty of science communication to enable this participation.  A proposal for systematizing dimensions of exclusion and barriers The systematization of dimensions of exclusion and barriers, as well as the recommendations formulated, are based on a research overview commissioned by the Science Communication Transfer Unit in Germany and compiled by Christian Humm, Philipp Schrögel, and Miriam Welz. The full report from November 2024 can be found on the Science Communication Transfer Unit website. The framework has been developed through a hybrid deductive-inductive approach, merging two previous concepts with findings derived from a systematic literature review. One deductive foundation is an earlier typology of exclusion factors developed within the project “Wissenschaft für alle” (for which a similar, earlier poster exists). The other is the classification of diversity dimensions into layers, often represented as a diversity wheel. Diversity is understood as an umbrella term for distinguishing characteristics among individuals, condensing the spectrum of human variety into tangible dimensions such as gender, race, or age. Individual dimensions influence one another. Their combination makes each person unique, therefore individual personality lies at the core of the framework The structure and composition from the research overview were further developed for this poster and comprise three levels: Exclusion Dimensions The dimensions of exclusion describe personal characteristics that distinguish people from one another and can lead to exclusion or discrimination. Some of these dimensions are integral parts of a person's identity and are difficult to change. Others can change over the course of a lifetime. Barriers in science and science communication These barriers stem directly from scientific institutions and communication practices. They represent exclusionary mechanisms that can be changed through modifications to offerings, communication formats, cultural change, and institutional approaches to public engagement. Barriers in society, politics, and education These barriers originate in overarching social, political, and educational structures that are beyond the direct control of science communication providers. They are broader in scope and represent structural exclusion mechanisms rooted in systemic inequalities. They can only be addressed indirectly through broader social interventions and political change. Even if individual communicators or science communication institutions cannot change them directly, they must nevertheless remain sensitive to these structural conditions. About this graphic The hidden object picture is aimed at actors in science and science communication and is intended to encourage them to reflect on their own communication based on the 30 identified dimensions of exclusion and barriers, as well as their impact on the inclusive design of offerings. The visualizations show examples of experiences of discrimination, diversity deficits, and symbolic representations of structural problems. The hidden object picture is supplemented by infographic elements that reflect selected statistical information. On the second page, an abridged version of all dimensions and barriers, as well as further information, is provided. The PDF has been checked for accessibility, and the color palette used has also been carefully selected. However, we are aware that the inherent limitations of the ‘hidden object’ format may still present a barrier for some people. Apart from the supplementary statistical information, the key content on dimensions of exclusion and barriers is therefore also available as text on the second page of the document. Imprint  This poster is based on a research overview commissioned by the Transfer Unit in Germany, a joint project by the Berlin-Brandenburg Academy of Sciences and Humanities and Wissenschaft im Dialog (Science in Dialogue), funded by the Federal Ministry of Research, Technology and Space. Research Overview (de): https://transferunit.de/thema/exklusion-in-der-wissenschaftskommunikation-fehlende-diversitaet-und-barrieren/ Authors: Philipp Schrögel, Miriam Welz & Christian Humm, Design: Markus Färber (Artwork) & Michelle Soldato (Layout) Contact: Philipp Schrögel, philipp.schroegel@hsw.tu-chemnitz.de